Sercem Sanktuarium jest kościół pw. św. Bonawentury, który wraz z klasztorem położony jest w murach dawnego zamku budowanego od 1259 roku. Zmiany adaptacyjne spowodowały, że wnętrze kościoła nie przypomina już stylu gotyckiego. Wyjątek stanowi kaplica Matki Boskiej Pakoskiej, która znajduje się w dawniej wieży bramnej. Wnętrze kościoła jest barokowe, natomiast wystrój rokokowy. Ołtarz główny z 1780 roku. Dwa cenne obrazy: Bartłomieja Strobla i braci Smuglewiczów. W kościele od 1671 roku przechowywane są największe w Polsce Relikwie Krzyża św.