Klasztor pakoski jest dwunastą fundacją tego zakonu w Polsce. Motyw sprowadzenia franciszkanów-reformatów jest jasny: opieka nad nowopowstałą kalwarią i krzewienie kultu Ukrzyżowanego. Zachęcony prawdopodobnie przez ks. Kęsickiego, Paweł Działyński 2 sierpnia 1631 r. skierował prośbę do komisarza generalnego prowincji zakonnej, ojca Prospera a Galbiato, w której zaproponował zakonnikom utworzenie klasztoru w Pakości. Objęcie w posiadanie nowej placówki dokonało się 22 grudnia 1631 roku, przy zachowaniu przepisów prawa i zwyczajów tamtego czasu, w obecności komisarzy upoważnionych do tego aktu przez Arcybiskupa gnieźnieńskiego, Prymasa Polski Jana Wężyka. Stwierdziwszy brak jakiegokolwiek sprzeciwu, komisarze powierzyli braciom miejsce pod konwent i kościół.

Na zbudowanie kościoła i klasztoru zakonnicy otrzymali od rodziny Działyńskich plac i ruiny zamku. Ta darowizna została potwierdzona oficjalnymi dokumentami, a tymczasowym miejscem rezydencji reformatów został kościół szpitalny Świętego Ducha.

Na podstawie źródeł można stwierdzić, że reformaci od samego początku rozpoczęli współpracę z księdzem Kęsickim w dziele kalwarii. Pomimo wielu obowiązków związanych z budową własnego kościoła i klasztoru, daje się wyraźnie zauważyć ich obecność i odpowiedzialność za kalwarię, przede wszystkim za jej wymiar duchowy, to jest kazania, nauki i modlitwy na ścieżkach kalwaryjskich. 

W tym okresie można mówić o pełnej współpracy między Braćmi a proboszczem. Przed 1647 rokiem istnieją już pierwsze kaplice zbudowane z drewna, niektóre zaś murowane.

Zły stan zdrowia, brak pomocy ze strony kleru diecezjalnego i troska, aby dzieło kalwarii, zainicjowane i rozwijające się, nie poszło w zapomnienie, spowodowały rozpoczęcie rozmów proboszcza z władzami zakonnymi w sprawie przejęcia pełnej odpowiedzialności za kalwarię. 10 czerwca 1643 r. ks. Kęsicki uzyskał zgodę biskupa Macieja Łubieńskiego na objęcie przez zakonników zarządu nad  Kalwarią Pakoską. W sposób definitywny na kapitule prowincjalnej w Brzezinach 13 października 1646 r. Zakon Braci Mniejszych oficjalnie podjął się zarządzania kalwarią. W Niedzielę Palmową 1647 r. w uroczystym akcie proboszcz Kęsicki przekazał klucze, przywileje i jurysdykcje na ręce reprezentantów prowincji. Niedługo potem, 3 maja 1647 r. w dzień Uroczystości Znalezienia Krzyża Świętego „w cieniu Krzyża zasnął na wieki” i został pochowany między zakonnikami w krypcie kościoła św. Bonawentury.